淡水方面，則說此神像本是淡水信徒所有，是因為淡水無祖師廟，而寄放於艋舺祖師廟奉祀的。 在兩派紛爭的結果之下，日治時期經官府協調，由艋舺與淡水二廟輪流奉祀。 據《臺灣省通志》記載，臺灣可考的最早清水祖師廟是明鄭永曆十九年（西元1665年），隨延平王鄭成功來臺的泉州府安溪縣軍民，自安溪清水巖迎來清水祖師神像、自安溪泰山巖迎來顯應祖師神像；漳州府平和縣移民自三平寺迎來三平祖師神像。 祖師生於永春縣小姑鄉，陳其姓，普足其名也。
明朝何喬遠《閩書》：普足（清水祖師）術行建、劍、汀、漳間，檀施為盛，居巖十九年。 清朝道光重纂《福建通志》：普足名重建、劍、汀、漳間，檀施為盛，居巖十九年。 宋神宗元豐六年（1083年），清水祖師被素仰其道行的劉公銳請到福建省安溪縣求雨，非常成功。 於是清水祖師定居安溪，而劉公銳慨然捐出大筆土地，在安溪蓬萊山張巖建庵，故又稱「蓬萊祖師」。
敕封清水真人，黑帝化身，風火乘腳，沙界蹤橫，七星寶劍，斬斷妖精，雨暘隨禱，護國安民，陰間有聲，陽間有名，上天下地，應物現形。 另說，祖師未曾出家之前，嫂嫂臨盆生產，無法炊事，請祖師上山砍柴。 但不久後，嫂因看見沒有柴薪，而火依舊燃燒，不由得大吃一驚，方知祖師以己身為柴薪，嫂欲將祖師拉起，不料祖師身陷火中，出灶後安然無恙，唯煙燻黑祖師面孔。
祖師見張巖之清泉不竭，便改張巖之名為清水巖。 清水巖之庵本為草庵，多賴清水祖師和徒弟楊道、周明等幾度拓展，終於開拓寺宇。 關於東衛天后宮的緣由，據稱約莫在南明永曆17年（1663年）間，東衛社民在海濱撿到一落難神像，稱「下田仔同公」（即同公），並搭建小廟奉為社神（土地神）。
東寧清水祖師宮: 廟宇
2013年新北市政府已將「淡水大拜拜」，列為「無形文化資產」。 宋徽宗建中靖國元年（1101年）五月十三，清水祖師圓寂於清水巖，安溪縣民感激清水祖師一生的義舉，自發性地運石建造卒塔婆，供奉祖師的舍利子，名曰「真空塔」，並以沈香之木，刻祖師像，奉於清水巖殿中，而故日後奉祀清水祖師之寺剎，多名為「清水巖」，如艋舺清水巖、淡水清水巖等。 從此，清水祖師成為安溪縣民信仰最誠的地方神祇。
清水祖師，法號普足，俗名陳昭應（一說為陳榮祖、陳昭或陳應，1045年－1101年），本籍福建永春，是北宋時代福建泉州安溪的高僧。 許多安溪人以種茶為業，再加上清水祖師以求雨聞名，也被視為安溪鐵觀音的保護神。 另外，許多安溪人信奉的神祇，如保儀尊王、清水祖師、法主真君都被視為有保護茶葉種植的職能。
東寧清水祖師宮: 麻章上人咒
幼出家於大雲院，長結庵於高泰山，志甘槁薄，外厭繁華。 師曰：「爾營以種種方便，澹足一切。」因授以法衣而囑之。 曰：「非值精嚴事，不可以有此。」祖師還庵，用其師之言，乃勸造橋梁數十，以度往來。 元豐六年，清溪大旱，便村劉氏相與謀曰：「麻章上人，道行精嚴，能感動天地。」比請而至，雨即沾足，眾情胥悅，咸有築室請留之願，乃於張岩山闢除菑翳，剪拂頑石，成屋數架，名之曰清水巖，延師居焉。 以其年，造成通泉橋、谷口橋，又十年，造成汰口橋，砌洋中亭，糜費鉅萬，皆取於施者。 祖師始至，巖屋草創，凡三經營，乃稍完潔。
南明永曆15年（清順治18年，公元1661年），鄭成功率艦隊佔領澎湖本島，先於文澳地區設立安撫司，又在媽宮港北方設置「東衛」、「中衛」與「西衛」三個海防據點，此即「東衛社」聚落最初由來。 拜請蓬萊老祖公，為吾顯化三寶堂，毘羅揭諦金剛將，道家丁甲來護持，佛法演化不思議，廣度有情二六時，老祖佛法化三千，張黃蘇李四將賢，吾今志心焚香煙，祈求老祖降臨先。 法門弟子專拜請，蓬萊老祖降臨來，神兵火急如律令。
東寧清水祖師宮: 傳說
政和三年（1113年），縣令陳浩然作清水祖師傳。 清法戰爭時，法軍進犯臺灣淡水，俗稱「西仔反」，善信迎去了此尊神像，焚香禱告，居然擊退法軍，這尊神像引發了艋舺與淡水兩派信徒之間的紛爭。 艋舺方面說，這尊神像是艋舺祖師廟的神像，是淡水善信借去祈福，以抵抗法軍的。
由於「同公」神階不高，文武官員經過廟前並不禮敬，遂於乾隆37年（1772）從福建湄洲迎奉媽祖神像來澎，便引以為東衛社公廟主神，並增祀城隍爺，以此抬高原廟廟階。 至道光13年（1833年），又增祀於巧聖先師（魯班）、姜太真君、各府王爺千歲於殿內。 而祖師初居清水巖，遇到原先佔據此地的四個山鬼，張、黃、蘇、李（另說：趙、王、蘇、李）四大將來挑戰，明言此地為其所據，要求祖師離開。 清水祖師於是與他們鬥法，四大將失敗逃離，卻在夜半回到清水巖來，把出口悉數封死，縱火燒山，連燒了七天七夜，就正當四大將歡欣鼓舞，自度清水祖師已死，要重新佔據清水巖時，卻發現清水祖師無恙端坐，只是臉被燻黑了。
在宋代福建，佛教非常興盛，寺院之多，出家人數之眾，都是中國的首位，時人有「閩中塔廟之盛甲於天下」和「山路逢人半是僧」的說法。 而且當時的福建，出家為僧不但受人景仰，更是一種時尚，許多書香門第的子弟都出家為僧，清水祖師只是這些人當中的一個，並非異數。 沒有必要將之特異化，並加上「抗金」、「抗元」傳說。 二、抗金說：有人認為清水祖師出家的目的，是掩飾其對抗金活動的支持，甚至，其本人也是抗金志士。
從此四大將心悅誠服，成為清水祖師的護法神，是為四大護法。 據說，泉州安溪祖師廟第十首籤詩：「火發連天炎，嶺危去路難。若無天降雨，禍福在人間。」就是在講真真人這個故事，故此籤雖凶猶吉，最後會是好結局。 在「張巖」修建殿宇時，苦無水源，眾人口渴之極，清水祖師持錫杖往地上一拄，立刻「清泉不竭」，故稱「清水巖」；而後祖師又以錫杖打破岩壁，竟然從岩石中流出許多白米，供應工人、僧眾、檀越食用，眾人嘖嘖稱奇。 《閩書》上說：清水祖師建造清水巖，白米自動出現；顯應祖師建造泰山巖，磚瓦自動出現；惠應祖師建造泰湖巖，木材自動出現。 求雨：一般人認為，普通人不能掌握自然現象，如下雨與否，唯有神聖，方能成之。 但清水祖師在世時，就已經屢次祈禱成功，讓蒼天降下甘霖，被認為有功於解決多次的旱災。
拜請麻章上人公，神靈顯化萬代殊，當初開闢清水巖，張黃蘇李拜吾師，求雨濟藥多造路，度化生靈名悠悠，小姑顯化清溪縣，能把瘟神邪魔收，當年屈服真郡守，今日慈悲降道場，法門弟子專拜請，麻章上人降臨來，神兵火急如律令。 真德秀為感謝神威，於是在祖師廟「真人」之匾額之上，添上一個「真」字，成為真真人，其意為誇獎清水祖師是「真人」之中的「真人」。 清水祖師以其高超之醫術，在瘴癘之氣盛行的閩南一帶，救治了不少患病的民眾，而患者無不感激、愛戴。
每逢舊曆正月初六清水祖師生日、五月初六清水祖師得道日，各地祖師廟常以神豬、三牲祭拜清水祖師，以示崇敬，敬考清水祖師一生，為漢傳佛教禪宗得道高僧，且其在世時未見有食肉之舉，故有人認為以祭祀素果糕餅為宜，不適合以肉類、葷菜奉敬。 三峽祖師廟總務組長劉金達說：「祖師公喫素，不喫豬肉。」也有不少人相信，山神亦屬於清水祖師廟的護法神。 另外民間相信祖師本身茹素，但祖師部下的五營神將與天兵天將則不一定為素食者。
岩東惟棗樹一株，祖師乃多植竹木，迨今成蔭。 其徒弟楊道、周明，於巖隈累石為二窣堵，臨崖距壑，非人力可措手，蓋有陰相之者。 劉氏有公銳者，久不茹葷，堅持梵行，祖師與之相悅。 一日公銳至，輒囑以後事，仍言「形骸外物，漆身無益。」說偈訖，端然坐逝，享年六十五歲，建中靖國元年五月十三日也。 傳說南宋時，泉州知府真德秀，乃程朱理學名儒，以清廉自居，向來不喜勞民傷財。 泉州大旱時，在官民幕僚不斷建議之下，方不得已率眾舉行祭典，向清水祖師求雨，並在清水祖師神像下方堆滿紙錢，意思暗示若求雨不成，即要燒毀神像。
- 遍訪名山後，居於永春縣，以道行精嚴聞名閩南。
- 於是清水祖師定居安溪，而劉公銳慨然捐出大筆土地，在安溪蓬萊山張巖建庵，故又稱「蓬萊祖師」。
- 政和三年（1113年），縣令陳浩然作清水祖師傳。
- 不僅閩南泉州，連建、邵、興、劍、汀、漳各郡人士皆相當崇敬，施主尊崇，布施極盛。
- 真德秀為感謝神威，於是在祖師廟「真人」之匾額之上，添上一個「真」字，成為真真人，其意為誇獎清水祖師是「真人」之中的「真人」。
- 元豐六年，清溪大旱，便村劉氏相與謀曰：「麻章上人，道行精嚴，能感動天地。」比請而至，雨即沾足，眾情胥悅，咸有築室請留之願，乃於張岩山闢除菑翳，剪拂頑石，成屋數架，名之曰清水巖，延師居焉。
一、隱居說：清水祖師有濃厚的愛國思想，被其父影響，在亂世之中，以隱居明志，並非真正遁入空門。 但清水祖師幼年懵懂時即出家，考其出家原因，似乎無法聯繫「隱居明志」、「愛國思想」。 清水祖師生於書香世家，是宋福建名家陳瑊的後裔，清水祖師之太祖、曾祖、大伯、二伯、四叔、弟陳夢得均考中進士。 祖師之父陳機更是滿腹經綸，以作詩聞名一時；母親為翁山洪氏。 「東衛」之名及該聚落形成淵源於軍事組織。
當年安溪人渡海來到三峽定居時，常常因為水土不服以及遭受原住民的侵襲，他們認為，這一定是因為山神不歡迎他們，所以才會導致居民上吐下瀉或是派出原住民來攻擊。 但是每年年底，他們還要回到安溪祭祖，而且過不了多久便是過年，過年也要拜神、拜祖先，接連不斷，實在是忙得不可開交。 因此祭拜山神的活動便改到清水祖師生日這天，一同舉行。 因此廟裡慶祝清水祖師的誕生，廟外則感謝山神一年的保佑。 隨著時間的遷移，兩個活動逐漸結合在一起，變成以「殺豬公」來祭祀清水祖師的誕辰。 而其中的緣故被人遺忘，因此產生人們認為清水祖師吃肉還殺豬公的誤會。
也因為求雨屢次的成功，被視為神蹟，清水祖師也被賦予相當的神秘色彩。 清水祖師七歲時，即在大雲院出家為沙彌，法名普足，後來師從大靜山長老「明禪師」，習經、坐禪三年，後返高泰山，勸造數十條橋梁。 又移住麻章庵，多次舉辦法會，為民眾祈雨消災，無不感應，獲得檀越崇信，人稱「麻章上人」。 遍訪名山後，居於永春縣，以道行精嚴聞名閩南。 拜請恩主清水真人，黑帝化身，風火隨其足，沙界縱橫，七星寶劍，寸斬妖精，雨陽隨其到，護國安民，陽界有聲，陰間有名，上天下地，應禱全靈。
三、抗元說：與上述說法雷同，只是把抵抗的金朝改為元朝，甚至說是文天祥部下的軍官，因起義事敗，隱居於安溪縣清水巖，此說更是無稽。 祖師在北宋時已然涅槃歸西，根本沒有元朝可抗。 為了掩飾此說，又有好事者將祖師籍貫、生年隨意塗改，更為南宋末年汴梁開封府人，毫無理據，甚至還說朱元璋建立明朝之後，感動於其民族英雄義行，追封為「護國公」或「護國大將軍」，更是無中生有。
在閩南，清水祖師是重要的鄉土神靈，是應惠靈天之一。 隨著安溪移民來臺，清水祖師的信仰在臺灣也蓬勃發展，1994年時有清水祖師為主神的廟宇有98座，大臺北就有63座，尤其是大文山地區。 大臺北地區可說是清水祖師信仰最盛之地，三峽長福巖祖師廟、艋舺清水巖、淡水清水巖、瑞芳龍巖宮，號稱「大臺北四大祖師廟」。 另外，深坑集順廟、東門正德宮、汐止濟德宮、松山慈祐宮、桃園市八德三元宮、大莊浩天宮、高雄代天宮、五甲龍成宮、旗津天后宮、五塊厝慈聖宮、楠梓清福寺等各地著名廟宇，皆以清水祖師為配祀神。
因此實際上，殺豬公的活動與清水祖師之間並沒有關聯性，清水祖師依舊是吃素，不吃葷。 另一方面，落鼻祖師由於全身均是沈香木所雕成，沈香木在中藥學來說，具有許多實質的療效，因此又被稱為「藥祖祖師」，有著許多治病的神蹟流傳。 最後，值得注意的是，臺灣北部有許多宮廟神壇模仿其落鼻造型，而雕塑許多清水祖師分靈神像，諸如：臺北市北投區稻香里集應廟、臺北市北投山腳廣福宮、新北市瑞芳龍巖宮、新北市瑞芳區忠仁廟、新北市汐止區忠順廟、新北市汐止濟德宮、新北市新莊區如意堂等（可參見辜神徹，2009）。 清水祖師的祭典也有以迎神賽會的方式來舉行，例如臺灣新北市淡水清水巖，每年則於農曆五月初五舉行暗訪，農曆五月初六舉行繞境，鑼鼓喧天萬人空巷，祈求掃除瘟疫，合境平安，世稱「淡水大拜拜」。
法門弟子專拜請，清水祖師降臨來，神兵火急如律令。 到了安溪，又募捐勸造通泉橋、谷口橋、汰口橋等。 清水祖師一生募捐，修造幾十座橋梁，對民眾生活、行動幫助極大，自然得到民眾的感佩。 另外，《桃源南山陳氏族譜》記載：「（清水祖師）兒時持齋誦經，日常與山下里人牧牛子戲，日暮吟經，牛自知歸。」可見得祖師幼時對閩地盛行的佛法也有相當興趣，因一心向佛而出家，並非如坊間誤傳，以出家掩飾其反抗女真人或蒙古人的身分。
- 曰：「非值精嚴事，不可以有此。」祖師還庵，用其師之言，乃勸造橋梁數十，以度往來。
- 還有廟宇居然說清水祖師本是岳飛或韓世忠幕府的軍師，因漢人對女真稱藩納貢，一怒之下才剃髮出家。
- 《閩書》上說：清水祖師建造清水巖，白米自動出現；顯應祖師建造泰山巖，磚瓦自動出現；惠應祖師建造泰湖巖，木材自動出現。
- 但據研究，祖師圓寂於1101年，而金朝則是1115年才初創，到1125年遼朝亡後，金始攻宋，而宋朝的抗金活動才開始。
- 南明永曆15年（清順治18年，公元1661年），鄭成功率艦隊佔領澎湖本島，先於文澳地區設立安撫司，又在媽宮港北方設置「東衛」、「中衛」與「西衛」三個海防據點，此即「東衛社」聚落最初由來。
還有廟宇居然說清水祖師本是岳飛或韓世忠幕府的軍師，因漢人對女真稱藩納貢，一怒之下才剃髮出家。 但據研究，祖師圓寂於1101年，而金朝則是1115年才初創，到1125年遼朝亡後，金始攻宋，而宋朝的抗金活動才開始。 清水祖師熱心於公益，多次募捐款項，號召造橋鋪路，一生興建過幾十座橋梁。 不僅閩南泉州，連建、邵、興、劍、汀、漳各郡人士皆相當崇敬，施主尊崇，布施極盛。
