但蔣太后在此居住不久後便離世，此後慈寧宮成為太皇太后、皇太后或先朝嬪妃的住所。 隆慶元年（1567年）、萬曆二年（1574年），慈寧宮均曾修繕。 萬曆十一年（1583年），慈寧宮正殿遭火災，萬曆十三年（1585年）重建慈寧宮正殿並於同年落成。
- 交泰殿東廡有景和門，西廡有隆福門，分別通向東一長街、西一長街。
- 壽三宮（西宮殿、中宮殿、東宮殿）：位於大佛堂以北。
- 慈寧宮：為正殿，前後出廊，黃琉璃瓦重檐歇山頂。
- 1959年在佈置原狀陳列時，按照七冊陳設檔的記載，仍設正座，且在北牆上恢復《坤寧宮銘》的掛屏和幾部書及陳設（根據陳設檔，有《盛京輿圖》、《經史講義》、《敬勝齋法帖》等書帖及陳設。顯然是為皇帝預備）。
- 東次間（即靠西的一間）：前檐有通連大炕一座（兩間）。
- 隆慶元年（1567年）、萬曆二年（1574年），慈寧宮均曾修繕。
慈寧門前出三階，中央設有龍鳳御路石，階前左右各陳設銅鎏金瑞獸一座。 慈寧門內有高台甬道通向正殿慈寧宮的月台。 慈寧門的門扉設於明間、次間後檐金柱之間，各開朱漆大門兩扇。 梢間後檐金柱之間為磚牆，前檐檐柱間各安有雙交四椀菱花槅扇檻窗四扇，檐下施單翹單昂五踩斗栱，梁枋繪有金琢墨石碾玉旋子彩畫，天花採用瀝粉貼金龍鳳圖案。 慈寧門的門額為滿文、蒙古文、漢文三種文字的「慈寧門」，其中漢文採用篆體。
東寧宮: 民國以後
東暖殿院落東側開門，有台階通往東廡的永祥門，永祥門坐西朝東；西暖殿院落西側有台階通往西廡的增瑞門，增瑞門坐東朝西。 2015年故宮博物院雕塑館在慈寧宮重新開館，其中慈寧宮作為「雕塑薈萃館」，慈寧門東西廡分別作為「漢唐陶俑館」、「修德白石館」。 昭聖太皇太后於康熙二十六年死後，慈寧宮主要用於為皇太后舉辦重大典禮。
廟方時常辦理街友圍爐、貧戶發放白米救濟等慈善活動。 新竹市農曆七月宗教活動，有「都城隍放、地藏王收」的傳統。 新竹市廟宇的普渡最先為南壇大眾廟，接棒的是新竹都城隍廟、新竹長和宮，以東寧宮七月三十日地藏王誕辰法會為收尾。
東寧宮: 明朝
順治十二年（1655年）仿盛京清寧宮再度重修。 嘉慶二年（1797年）乾清宮失火，延燒坤寧宮前檐，嘉慶三年（1798年）重修。 1958年8月31日，故宮博物院雕塑館首次對觀眾開放。 雕塑館還陳列有西漢霍去病墓石刻複製品，從雲岡石窟、龍門石窟、麥積山石窟等石窟翻制的佛教造像。 壽三宮（西宮殿、中宮殿、東宮殿）：位於大佛堂以北。
雍正以後，皇帝移住養心殿，皇后也不再居住在坤寧宮，而是擇東六宮、西六宮之一居住，坤寧宮實際已成為專供薩滿祭祀的場所。 西三所（頭所殿、二所殿、三所殿）：位於慈寧宮東部。 康熙二十六年，將慈寧宮東部的五間新建宮殿拆遷至孝陵附近，這是因為昭聖太皇太后生前非常喜歡這組宮殿。 這組宮殿拆除後，在原址建設頭所殿、二所殿、三所殿。
東寧宮: 新竹市
東廡房自北數第2間（自南數第10間）開有基化門，坐西朝東。 東廡房向南延伸至東暖殿院落東側，最南1間開有永祥門，坐西朝東。 東暖殿院落東側開門，有台階正對永祥門。 隆福門以南，有廡房9間，向南延伸至弘德殿院落西側。 弘德殿院落西側開門，有台階正對鳳彩門。 昭仁殿院落東側開門，有台階正對龍光門。
按照竹塹地區的傳統，在農曆七月下旬舉辦的是「外庄繞境」。 例如北牆的東一個炕，《故宮點查報告》與七冊陳設檔的記載都不同，前者稱是雙座（且有中華民國時期溥儀占居宮內時拍的照片為證），後者稱是「紫垣內正寶座」。 1959年在佈置原狀陳列時，按照七冊陳設檔的記載，仍設正座，且在北牆上恢復《坤寧宮銘》的掛屏和幾部書及陳設（根據陳設檔，有《盛京輿圖》、《經史講義》、《敬勝齋法帖》等書帖及陳設。顯然是為皇帝預備）。
光緒十七年（1891年）又曾重修慈寧宮。 東暖閣是敞兩間，前檐有通連大炕一座，後檐每間各有落地罩木炕一座，落地罩上面仙樓二間。 《大清會典》載同治帝、光緒帝大婚一切具照康熙四年成案辦理，可見自康熙時起，這一個北炕便作帝后合卺的用途。 清室善後委員會《故宮點查報告》第二冊（坤寧宮部分）記載，在這個北炕的範圍內有「紫檀雕龍鳳炕幾二張，紫檀雕龍鳳雙喜字桌燈二對，紅呢炕罩一件，黃氆氌炕墊一件」等等物品。 其中，雙喜字桌燈應是婚禮時所用，龍鳳炕幾應是平時及婚禮時都用的陳設，黃氆氌炕墊則僅是平時的鋪陳（此件炕墊早已無存）。
- 清朝每逢皇太后聖壽節時，在慈寧門內外陳設有儀仗。
- 按照竹塹地區的傳統，在農曆七月下旬舉辦的是「外庄繞境」。
- 炕北墻上中央有一幅畫，東西兩側是一副對聯「寶瓞長綿八極人天歡喜，金萱並茂九霄日月光華」。
- 後被日本人拆除，興建新竹少年刑務所演武場，改奉至新竹嶽帝行宮。
- 故宮博物院方面認為，這批調往洛陽的文物屬於洛陽方面暫借，應予歸還。
追溯歷史，東寧宮為「新竹嶽帝行宮」、「新竹地藏庵」、「新竹五穀廟」合併。 1937年日本政府倡導皇民化運動，以整理寺廟為由被毀，在此築蓄水池及防空壕。 地藏王菩薩與嶽帝等移寄都城隍廟旁新竹法蓮寺，五穀先帝遷移至南壇大眾廟。 1945年日本投降，地方士紳討論後希望重建此廟，於1950年組織籌建委員會募捐與商議重建事宜。 重建完成後合祀延平郡王，迎回地藏王菩薩、嶽帝、五穀先帝及十殿閻君、伽藍爺等諸神，並改名為東寧宮。
故宮博物院成立後，於1932年將慈寧宮大殿的格扇換成玻璃窗。 1951年，將東、西廡改做室內灰頂，並且增開桶子門，將徽音左門、徽音右門的風門改做玻璃門；南群房室內改做灰頂，改做玻璃窗。 中華人民共和國初期，慈寧宮北部的壽三宮、東部的西三所被故宮博物院修復組佔用，後來故宮博物院修復組先後改為故宮博物院修復廠、故宮博物院文保科技部，仍然佔用這些建築。 慈寧宮位於紫禁城內廷外西路隆宗門以西。 明朝永樂年間初建紫禁城時，如今慈寧宮的所在地是仁壽宮、大善殿等殿宇。 明朝嘉靖四年（1525年），仁壽宮失火焚毀。
