2016年，分立護理學院及健康科技管理學院。 同年8月，醫學影像暨放射科學系、放射醫學研究所，自健康科技管理學院改隸護理學院。 2000年，增設日間部四年制物理治療系、放射技術系、醫務管理系、幼兒保育系、會計系。
2008年，增設放射醫學科學研究所。 五年制護理科原住民專班改為獎助班。 1997年，改制為慈濟技術學院，增設日間部二年制物理治療系、放射技術系、醫務管理系、幼兒保育系。 停招日間專科部二年制放射技術科、物理治療科（原復健科）及二年制夜間部護理科普通班。
2001年，增設日間部二年制護理系。 停招日間部另二年制護理科、幼兒保育科、夜間部二年制護理科及日間部二年制物理治療系、放射技術系。 2009年，停招日間部四年制物理治療系。 進修部二年制護理系在職專班停招，改以進修學院二技護理系招生。
- 2009年，停招日間部四年制物理治療系。
- 2013年，會計資訊系改名行銷與流通管理系。
- 2016年，分立護理學院及健康科技管理學院。
- 1997年，改制為慈濟技術學院，增設日間部二年制物理治療系、放射技術系、醫務管理系、幼兒保育系。
- 2001年，增設日間部二年制護理系。
2013年，會計資訊系改名行銷與流通管理系。 資訊工程系改名資訊科技與管理系，並增設資訊科技組與資訊管理組之分組。 慈濟學校財團法人慈濟科技大學（英語：Tzu Chi University of Science and Technology），簡稱慈科大，是一所在臺灣花蓮的私立科技大學，共有兩個學院，5個學系。
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