滿人初入關時，陸上與海上兩方面的挑戰襲捲而來，陸上是西北的李自成、張獻忠與東南的明朝勢力，清廷的征討策略對其頗有成效，但海上的鄭氏政權，則始終讓其感到芒刺在背。 三藩之亂鄭經 在無法以武力徹底解決問題的狀況下，清廷調整方針，以和談作為主要的策略。 三藩之亂爆發後，清廷對陸上的吳三桂等人，依然維持強硬的態度，以武力來應付此一挑戰，但對海外的鄭經，仍舊維持著和談的方針。 發生在中國的一個動亂，在三藩之亂爆發時，台灣延平郡王鄭經也率兵到三藩之亂的地點參戰，但是後來於1678年失敗後反回台灣。 後來在康熙皇帝的平定下，平定了三藩之亂。
1656年擴編戎旗鎮為左右二鎮，1658年則改名為左右武衛。 三藩之亂鄭經 同年，又增設仿日本武士的親軍部隊－左右虎衛。 1662年，鄭經為國主，升左虎衛黃安為勇衛，其位於武衛與虎衛之上；黃安歿，諮議參軍陳永華繼之。 又設置侍衛，由馮錫範統領，位於勇衛與武衛之後。
三藩之亂鄭經: 鄭成功孫子
康熙帝考慮到藩鎮久握重兵，勢成尾大，非國家之利；又以為吳三桂之子，耿精忠諸弟都宿衞京師，諒吳、耿二人不能發動變亂。 1673年（康熙十二年）三月，平南王尚可喜疏請歸老遼東，留其子尚之信繼續鎮守廣東。 三藩之亂鄭經 經戶、兵兩部和議政王貝勒大臣集議，認為如果尚之信擁兵留鎮廣東，跋扈難制，康熙帝遂詔令盡撤全藩。 經戶、兵二部確議，吳三桂及所部五十三佐領官兵家口應俱遷移。
1699年（康熙三十八年）五月，鄭成功父子遷葬福建省南安市康店村覆船山，附葬於七世祖鄭樂齋墳墓內。 也有説法稱，為免台灣人起抗清之心，鄭氏諸祖在台諸墳悉遭朝廷下令遷葬中國大陸。 1624年（天啓四年），荷蘭殖民者侵入台灣，實行殘酷的殖民統治。 1661年（順治十八年），鄭成功率領大軍從金門、廈門出發，渡海收復台灣。
三藩之亂鄭經: 鄭成功歷史評價
平埔族在荷蘭時代曾因不滿荷蘭人的統治，發生過數次反抗事件。 鄭成功攻打台灣時，有些平埔族對鄭氏寄予厚望，還發生過殺荷蘭人以迎鄭軍的情事。 可是鄭氏政權進入台灣後，統治平埔族，卻比荷人更加酷烈。
鄭經便利用停戰的機會，於十一月初一（12月11日）進攻台灣，戰鬥中黃昭被流箭射死，其餘將領皆投降。 三藩之亂鄭經 鄭經勝利後進入安平城，處死蕭拱辰等人，並把鄭襲軟禁於廈門，結束了這場內鬥。 鄭經是鄭成功的長子，生於明崇禎十五年（1642年）十月初二（公曆10月25日），生母董氏。 清順治十八年（南明永曆十五年，1661年），鄭成功率師取台灣，命鄭經鎮守思明州（今福建廈門），調度沿海各島。 當時鄭經十九歲，娶原兵部尚書唐顯悦的孫女，雖端莊靜正，但是與鄭經關係並不和睦。 故與四弟鄭睿之乳母陳氏（昭娘）私通，生下一子，取名鄭克臧。
三藩之亂鄭經: 三藩之亂時台灣鄭氏在幹什麼
其中吳三桂勢力最大，不僅在經濟上是滿清政府沉重的負擔，而且威脅到清政權。 康熙二十一年（1681年）冬清軍攻破昆明，吳世璠自殺，至此三藩之亂平定。 康熙二十二年（1683年）7月8日清政府派福建水師提督施琅率水陸官兵2萬餘人、戰船200餘艘從銅山向澎湖、台灣進發。 施琅指揮的清軍水師先行在澎湖海戰對台灣水師獲得大勝，從而迫使鄭成功之孫鄭克塽率眾歸順清政府。 清康熙二十三年（1684年）清政府在台灣設一府三縣：台灣府治設在如今的台南，下轄台灣縣（今台南）、鳳山縣（今高雄左營）、諸羅縣（今嘉義）。
但馬寶、胡國柱等叛軍仍困獸猶鬥，節節頑抗；滿洲將帥仍多遷延，以致時逾兩年，清軍才進逼雲南，康熙二十年底，圍攻省城昆明。 吳世璠勢窮自殺，餘眾出降，三藩之亂終告平定。 三藩之亂及其覆滅吳三桂、耿精忠疏請移藩，實迫於形勢，並非本意。 滿清初年的“三藩”，是指三個割據一方的漢族藩王，即雲南平西王吳三桂、廣東平南王尚可喜、福建靖南王耿精忠。 清軍在進入山海關後，由於自身八旗兵實力不足和中國地域的廣大，所以扶植了三藩軍隊，作為攻擊李自成大順軍和南明的先鋒，即“以漢制漢”。 三藩之亂鄭經 三藩之亂鄭經 1679年（康熙十七年）八月至二十年十月。
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這時漳州守將黃芳度私底下和清朝聯繫，鄭經懷疑他的忠誠，要他出城和自己見面、或者是派兵一同進攻，這兩項命令黃芳度都不服從，並於六月舉兵反抗。 鄭經親自包圍漳州，於十月初六（11月22日）將漳州攻陷，迫使黃芳度投井自殺。 為了報復黃梧破壞鄭家祖墳，鄭經車裂黃梧、黃芳度的屍體，黃芳度留在漳州的族人都被處死。 6）康熙平定三藩之亂，鄭經逝世，臺灣内鬥加上經濟衰敗，形勢逆轉，臺灣的鄭克塽放低姿態，甚至可以考慮接受剃髮，只要求能繼續“治理臺灣，承祀祖先”。
第二階段由1674至1680年，此值滿清內部發生三藩之亂。 這是由於清帝國入主北京後，冊封有戰功的明朝降將吳三桂等三人為王，稱為「三藩」。 在1680至1683年間，清帝國國勢日盛而明鄭內部隨著鄭經逝世而發生政變，終在清廷的武力攻擊下投降。
三藩之亂鄭經: 三藩之亂背景
現居臺灣的施姓人口頗多，應有相當大的比例，是福建施琅施氏族人的後裔。 鄭克塽知道大勢已去，派人到施琅軍前，希望清廷能同意鄭氏家族“居臺灣，承祀祖先，照管物業”，康熙不予同意。 鄭經認爲，臺灣遠在海外，地理位置優越。 東連日本，南銜呂宋，物阜民豐，商貿繁榮。 滿清能給他的，對他來説，都談不上什麽吸引力。 由順治與鄭成功之爭，翻頁爲康熙與鄭經的對峙。
鄭經命陳永華留守東寧，自率侍衛馮錫範、兵官陳繩武、吏官洪磊等西渡，進駐廈門。 耿精忠接報：鄭軍“兵不滿二千，船不過百隻”，又下令照前禁海，斷絕與鄭經往來。 三藩之亂鄭經 鄭經怒，立遣馮錫範率師攻同安，接著又連續攻取泉州、漳州和廣東的潮州。 康熙十四年(1675年)正月，耿精忠見鄭經已據有三府之地，“兵馬強盛”，又遣使修好。 雙方約定，以楓亭為界，“有事相援，無得侵伐”。 康熙十五年(1676年)二月，平南王尚之信降于吳三桂，吳三桂檄之信，讓惠州以與鄭經修好。
