二戰後，北投航空病院在1945年9月改歸至台北陸軍病院北投分院，並持續運作以收治尚未返日的日僑，直到1946年4月全部返回日本。 在此同時，臺灣區特派員辦公處接收委員吳國興在1945年12月完成台北陸軍病院北投分院接收，而臺北陸軍病院在1946年改為臺灣陸軍病院，之後陸續改稱聯勤第五總醫院、陸海空第一總醫院、陸軍第一總醫院、陸軍第801總醫院，而北投分院則改為其北投分部。 1896年，由臺灣守備混成旅團軍醫部長藤田嗣章主導在北投溫泉開設「陸軍療養所」，後於1898年改為台北衛戍病院北投分院，1936年改為臺北陸軍病院北投分院。 1945年3月25日，北投分院改為第8飛行師團指揮的「北投航空病院」，原北投分院則改至附近的瀧乃湯溫泉旅館為據點。
但需注意的是，並非軍職醫師就一定是國防醫學院出身，部分非國防醫學院出身之軍職醫師是來自於民間召募醫學系畢業之志願役軍官，而軍階停年屆滿的軍職醫師也可能轉換為文職醫師繼續聘用。 該院院長一般而言為擁有少將軍銜之主治醫師擔任，不再具有國防醫學院副院長職銜，而是由該院執行官擔任國防醫學院副院長職銜。 2004年，電展室主任李翔宙中將著手電展室近年來最大的一次改革，親自擬定改革計畫，下令將原本大型資訊庫形態轉化成有價值的情報蒐研單位。 連美國國家安全局都曾兩度赴電展室取經，並學習電展室編成1個任務相似的電訊情報整合中心。 國防部高層原想參觀美國國安局電訊情報整合中心，美軍情治高層即表示該單位為倣效國防部電展室所組成的。
三軍總醫院地址: 三軍總醫院北投分院（原國軍北投醫院）
秉持提供「健康的國軍」為服務宗旨，在國防醫學院、三軍總醫院指導下，以「病人為本、全人關懷的國軍精神醫療中心」為營運願景，平時服務一般軍民醫療作業，戰時則服膺作戰區指揮，負責動員民間醫院及整合醫療資源，以因應各項任務。 等級為地區醫院，院址為臺灣省澎湖縣馬公市前寮里90號，設有門診、急診、住院，（特殊醫療情況經申請核可）中華民國空軍後送。 2012年9月10日，因國軍醫院精神科肩負國軍官兵精神疾病的醫療任務；國軍心輔體系之三級防處機制乃預防自殺(自傷)的重要網路，成立自殺防治中心，以軍陣精神專業為基礎，整合國軍醫療與心輔兩大系統，提供國軍專業的相關資源與服務。 等級為地區醫院，精神科專科醫院，院址為臺北市北投區新民路60號精神科專科醫院，設有精神科門診、精神科急診、精神科住院、家醫科門診。
2007年，成立一級毒品美沙東戒治特別門診、與士林地檢署合作成立第二級毒品緩起訴戒治團體。 北投地區為臺灣著名的溫泉地，酷似日本之地理環境終日溫泉煙氙氫，為使後送至此之日軍傷兵能安心養病且慰思鄉之情，遂建造本院前身於此。 2.院區周邊公車：214、256、286、630、652、679、小3、棕9南京幹線、1801國光客運基隆-國立護院(請於「國防醫學中心」下車，步行約十分鐘)。 2003年5月5日：奉命為SARS專責醫院，5月19日改裝完成，設置102間負壓式隔離病房，成為SARS病患治療的中繼站。 1995年7月1日：依精進軍醫組織案，原隸屬三軍總部之四、五級醫院取消軍種番號，改直隸參謀本部，更名國軍八零七總醫院。 1932年一二八事變後，改制為「國民政府軍事委員會辦公廳機要室電務股」，由國民政府軍事委員會機要室主任毛慶祥指揮。
汀洲院區保留門診和急診，病房轉型為護理之家及呼吸照護病房（RCW）。 原汀州院區的閒置土地，成為臺北市替代役中心、國立臺灣大學水源校區。 2000年代國軍精實案政策下，2004年收併國軍基隆醫院為三軍總醫院附設基隆民眾診療服務處，一般民眾稱為「基隆三總」或「三總基隆分院」；2005年收併國軍徐州路門診中心為三軍總醫院臺北門診中心；2006年收併國軍澎湖醫院為三軍總醫院澎湖分院，一般民眾稱為「澎湖三總」。
三軍總醫院地址: 醫療服務
北投分院現址在日治初期係「台北陸軍衛戍療養院北投分院」，在戰後成為陸軍第801總醫院北投分部，並在1966年與陸軍第821醫院合併，後改稱三軍精神病院。 北投分院的院本部、門診、急診室及住院部位在北投區新民路60號，設有山下門診部，位在北投區中和街250號。 三軍總醫院松山分院是臺北市松山區代表的大型醫療機構之一，以臺北市松山地區居民及台北、宜蘭地區國軍人員為主要核心服務範圍。 平時負責臺灣北部地區官兵健康維護，戰時支援第三作戰區收療受傷官兵及民眾，並執行各項醫療任務。 三軍總醫院松山分院，舊名空軍總醫院，編號國軍第八○七總醫院，是中華民國國防部在臺北市的一所醫療機構，目前下轄於國防部軍醫局的一所區域暨乙類教學醫院。 三軍總醫院成立於民國五十六年七月一日，在二ＯＯＯ年邁入新的里程碑，內湖國醫中心佔 地面積四十一公頃。
- 北投地區為臺灣著名的溫泉地，酷似日本之地理環境終日溫泉煙氙氫，為使後送至此之日軍傷兵能安心養病且慰思鄉之情，遂建造本院前身於此。
- 除對中華民國國軍官兵及眷屬提供醫療服務和因應國防和軍事需求的醫學研究外，也以「三軍總醫院附設民眾診療服務處」的名義對一般大眾提供醫療服務。
- 臺灣戰後時期，於1946年將「日本台灣陸軍病院南門病室」（今臺北市立聯合醫院和平院區與附近地區）改編為臺灣陸軍醫院，以吳國興上校為院長，並接管日軍北投病室。
- 2000年，社區精神科申請設立本院庇護性快樂商店、社區精神科設立希望工場，承接代工業務，提供復健學員更多元復健內容。
- 等級為地區醫院，精神科專科醫院，院址為臺北市北投區新民路60號精神科專科醫院，設有精神科門診、精神科急診、精神科住院、家醫科門診。
- 未依規定取消掛號視為爽約，累計爽約三次，不接受網路或電話語音掛號，請現場掛號。
臺灣戰後時期，於1946年將「日本台灣陸軍病院南門病室」（今臺北市立聯合醫院和平院區與附近地區）改編為臺灣陸軍醫院，以吳國興上校為院長，並接管日軍北投病室。 臺灣戰後時期多次改制，1949年改制為聯合勤務總司令部第五總醫院。 此後醫院名稱編制更動，1950年改組為陸海空軍第一總醫院，1955年，改稱陸軍第一總醫院，1960年再改為陸軍第八〇一總醫院，1967年將北投分院獨立為八二一醫院。 直至1968年5月，改組為「三軍總醫院」，並由小南門旁遷建至今汀洲院區（原臺北市戰前規劃的大型都會公園之八號公園），與1949年在台復校之國防醫學院形成一塊完整的教學醫院及醫學院。 1980年代，國防醫學院三軍總醫院尋求新院區，並選定臺北市內湖區原陸軍工兵學校校地作為新院區。 新建工程於1990年動工，1999年完工，並搬遷至內湖院區。
三軍總醫院地址: 基隆市中正區正榮街100號
台北市成立社區緊急醫療小組，由台北市立療養院及本院社區精神科承辦緊急醫療網業務迄今。 1998年，社區精神科申請勞工局支持性就輔方案，增聘支持性就輔員。 北投醫院主任醫師（後任副院長）王家駿號召院內有心奉獻的醫師、心理師、社工師、護理師，組成家暴與性侵處遇業務的讀書會，不僅翻譯相關書籍，亦成為全國第一批進入監所對性犯罪者施以心理治療的治療師。 2013年，併入三軍總醫院，改為「三軍總醫院北投分院」。
由於情報整合成效顯著，李翔宙主導將國防部電展室由新店搬到林口，擴展情整功能。 1895年（明治28年）中日甲午戰爭後，日本的近衛師團和第三師團部隊計畫將其數千民的傷兵配送到日本各地的兵站病院治療，同時也計劃在殖民地臺灣、朝鮮半島及勢力所及的滿洲等溫泉地，找尋適合增設醫療的地點來加入傷兵收容治療的行列。 此時臺灣北投的溫泉地經過日軍數度的審慎評估之後，終於決定在1898年（明治31年）於此溫泉地內開設臺灣第一處利用溫泉從事醫療行為的「臺北衛戌病院北投分院」。 1999年，支援台北市921震災創傷心理急救服務及支援部隊救災人員安心團體。
Joiner，針對軍隊自殺防治發表相關研究及專題報告，提升全軍心理健康品質。 通過臺灣老年精神醫學會專科醫師訓練醫院評鑑，成為老年精神科受訓醫院。 三軍總醫院北投分院紓為大樓揭牌啟用，邀請前院長郭紓為院長遺孀傅藹英女士及子女、前院長張敏、呂昭林、衛服部心口司諶立中司長、書法家朱振南老師等人共同與會，場面隆重溫馨。
2017年，開放古蹟參觀，並召集本院復健病房學員，成立「向陽導覽工作隊」向遊客導覽解說古蹟，結合復健治療與導覽工作於一體，達到北投社區復健，讓台灣被看見之目的，並因此入圍第九屆「政府服務品質獎」殊榮。 本院以活化古蹟再利用為出發點，結合「全人關懷的精神醫學中心」願景方向及「深耕社區健康營造」之發展策略，達到精神療癒、民眾教育、休憩體驗的目的。 2010至2014年，國防部長高華柱探視古蹟後，指示古蹟重建計畫，由國防部劃撥預算，本院主導整修工程，完成古蹟重建。 2005年，本院致力開發心率變異分析（heart rate variability，縮寫為HRV；或稱心率變異度分析）研究，一共購入五台心律變異分析儀由醫師及心理師共同為病人服務，成立開放式身心科病房。 8月配合國家反毒政策，成立藥癮精神科，設藥癮病房計29床、於第九病房成立酒藥癮戒治病房、於草山學苑成立戒酒團體。
三軍總醫院（簡稱三總），成立於1946年的中華民國軍醫院。 1983年正式成為國防醫學院之教學醫院（註：三軍總醫院在衛生福利部登記的全銜為三軍總醫院，並不隸屬於國防醫學院）。 除對中華民國國軍官兵及眷屬提供醫療服務和因應國防和軍事需求的醫學研究外，也以「三軍總醫院附設民眾診療服務處」的名義對一般大眾提供醫療服務。 三軍總醫院北投分院（編號國軍第818醫院）是臺灣臺北市北投區的國軍醫院，也是中華民國衛生福利部評定優等醫院及合格之精神科教學醫院，主要收治精神科患者。
本院每週一到週六有院區專車，提供往返兩院區或前往內湖三軍總醫院的民眾，免費搭乘，相關資訊請至交通車時間表處瀏覽，謝謝。 院址為臺北市中正區汀州路三段40號，設有門診、急診、住院（僅有急診留觀床、呼吸病房、護理之家），接駁車來往內湖院區。 三軍總醫院醫師之組成大部分來自於國防醫學院醫學系畢業生，少部分來自於其他醫學院校醫學系畢業生。 造成此一情況原因是該院醫師分為軍職及文職，此兩種身分的缺額是固定的。
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